在《生活饮用水卫生标准》（GB5750-2006）中规定的微生物指标包括总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希菌、菌落总数、贾第鞭毛虫和隐葩子虫6个指标。
微生物检测标准：水体中的菌落总数可以指示出饮用水中的微生物污染状况，可以判定自来水厂出水的净化消毒效果。菌落总数增多则说明水体已被污染，但是不能说明污染来源和该水体传播传染病的风险程度。因此，必须结合总大肠菌群来判断水质污染的来源和安全舷。
（1）总大肠菌群指在37七培养24小时和48小时后，能发酵乳糖并产酸产气的革兰氏阴性无芽砲杆菌，是评价饮用水卫生质量的重要微生物指标之一。一般地说，总大肠菌群能够指示肠道传染病菌存在的可能性，但它不是专一的指示菌。总大肠菌群包括能够在水中存活和生长的微生物，可以用作评价水处理的效果，输配水系统的清洁度、完整性和生物膜存在与否的指示菌。我国《生活饮用水卫生标准＞（GB5749-1985）中规定水中总大肠菌群不得超过3个/升。现行饮用水卫生标准中规定每100毫升饮水水样中大肠菌群不得检出。
（2）耐热大肠菌群中的主要优势菌为埃希大肠杆菌，可作为粪便污染的指标。现行饮用水卫生标准中规定每100毫升饮水水样中耐热大肠菌群不得检出。
（3）大肠埃希菌是粪便污染最有意义的指示菌，已被世界上许多组织、国家和地区使用，若水样检出大肠埃希菌，说明水质可能受到严重污染，应采取相应措施。现行饮用水卫生标准中规定每100毫升饮水水样中大肠埃希菌不得检出。
（4）贾第鞭毛虫和隐砲子虫是一类寄生于人和动物体内的肠道原虫，它们的抱囊和卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。它们可引起人的消化道感染，症状与腹泻相似。现行饮用水卫生标准中关于水质非常规指标的规定指出贾第鞭毛虫和隐砲子虫数量各不得超过1个/10升。
（5）菌落总数是评价水质清洁度和考核净化效果的指标。菌落总数增多说明水受到微生物污染但不能确定污染来源以及污染程度，必须结合其他微生物指标来进行判断。我国的《生活饮用水卫生标准》、2001年的《生活饮用水卫生规范》、现行饮用水卫生标准中规定每1毫升饮水水样中菌落总数不得超过WO个。
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